エンリッチメント解析ソフトウェア開発
U-Path
U-Path は、検出されない代謝物(undetected / non-detectable)を前提に、 エンリッチメント解析(pathway / set analysis)を「再現可能に」実行できるソフトウェア群として開発しています。 現在はその一部として、Rパッケージ mseapca を公開しています。
Undetected-aware
Background explicit
MSEA / ORA
SSEA
GSEA-style
ご相談:
サポート、Python実装、GUI開発、データベース整備のご相談はこちらまで。
連絡先 h.yama2396@gmail.com
※ 簡単に「目的/データ種類/運用形態(CLI/GUI/MCP)」を書いていただけると助かります。
Rパッケージ:mseapca(U-Pathの一部)
mseapca は、メタボロミクスを主対象としたエンリッチメント解析Rパッケージです。 MSEA(ORA)、SSEA、GSEA-style解析に対応し、未検出を考慮した拡張も含みます。
install.packages("mseapca")
詳細(使い方・vignette・検証)は、CRAN / GitHub / ドキュメントにまとめる想定です。
今後の予定
- Python実装:企業・解析基盤への組み込み(wheel / CLI / API)
- GUI:ローカルGUI(入力 → 実行 → レポート出力)
- データベース:セット定義の整備、更新・配布の仕組み
- MCP対応:AIエージェント連携(安全な呼び出し・ログ設計)
- サポート:導入・運用・解析設計の技術支援(企業・研究機関向け)
※ Python版やGUIは、公開形態や名称を含めて検討中です(mseapcaとは別名にする可能性があります)。
リンク
- CRAN(mseapca):https://cran.r-project.org/web/packages/mseapca/
- 関連論文・プレプリント:https://jxiv.jst.go.jp/index.php/jxiv/preprint/view/954/